Perkumpulan Dokter Spesialis Kardiovaskular Indonesia (PERKI) Cabang Yogyakarta didirikan pada tahun 2004 dengan jumlah anggota awal sebanyak enam orang dokter spesialis kardiologi. Pada masa awal berdirinya, organisasi ini dipimpin oleh dr. RM. Arjono, SpPD, SpJP (K), FIHA sebagai Ketua, didampingi oleh dr. Bambang Irawan, SpPD, SpJP, FIHA sebagai Wakil Ketua. Posisi Sekretaris dipegang oleh dr. Budi Yuli Setianto, SpPD, SpJP (K), FIHA, sementara dr. L. Kris Dinarti, SpPD, SpJP, FIHA menjabat sebagai Bendahara.
Memasuki tahun 2007, terjadi perubahan dalam susunan kepengurusan meskipun jumlah anggota masih tetap enam orang. Kepemimpinan beralih kepada dr. Bambang Irawan, SpPD, SpJP (K), FIHA sebagai Ketua, dengan dr. Budi Yuli Setianto sebagai Wakil Ketua. Jabatan Sekretaris diisi oleh dr. Hariadi Hariawan, SpPD, SpJP (K), FIHA, sedangkan posisi Bendahara tetap dipegang oleh dr. L. Kris Dinarti.
Pada tahun 2008, jumlah anggota mulai bertambah menjadi tujuh orang. Dalam periode ini, dr. Budi Yuli Setianto dipercaya sebagai Ketua. Ia didampingi oleh dr. Nahar Taufiq, SpJP, FIHA sebagai Sekretaris dan dr. Erika Maharani, SpJP, FIHA sebagai Bendahara.
Perkembangan organisasi terus berlanjut pada tahun 2010 dengan bertambahnya anggota menjadi delapan orang. Kepemimpinan dipegang oleh dr. Nahar Taufiq sebagai Ketua, dengan dr. L. Kris Dinarti sebagai Sekretaris dan dr. Erika Maharani tetap sebagai Bendahara.
Pada tahun 2012, jumlah anggota meningkat menjadi sepuluh orang. Ketua dijabat oleh dr. L. Kris Dinarti, SpPD, SpJP (K), FIHA, didampingi oleh dr. Hariadi Hariawan sebagai Sekretaris dan dr. Erika Maharani sebagai Bendahara.
Pertumbuhan signifikan terjadi pada tahun 2014 dengan jumlah anggota mencapai empat belas orang. Kepemimpinan saat itu dipegang oleh dr. Hariadi Hariawan, SpPD, SpJP (K), FIHA sebagai Ketua, dengan dr. Hasanah Mumpuni, SpPD, SpJP sebagai Sekretaris, dan dr. L. Kris Dinarti sebagai Bendahara.
Perkembangan semakin pesat pada tahun 2016 ketika jumlah anggota melonjak menjadi tiga puluh dua orang. dr. Hariadi Hariawan tetap menjabat sebagai Ketua, sementara dr. Erika Maharani, SpJP (K), FIHA dipercaya sebagai Sekretaris dan dr. Hasanah Mumpuni, SpPD, SpJP (K), FIHA sebagai Bendahara.
Puncak perkembangan hingga periode ini terjadi pada tahun 2019, dengan jumlah anggota mencapai lima puluh tiga orang. Kepemimpinan beralih kepada dr. Irsad Andi Arso, SpPD, SpJP (K) sebagai Ketua, didampingi oleh dr. Erika Maharani, SpJP (K) sebagai Wakil Ketua. Jabatan Sekretaris dipegang oleh dr. Hendry Purnashida Bagaswoto, SpJP dengan dr. Rizki Amalia Gumilang, SpJP sebagai Wakil Sekretaris. Sementara itu, posisi Bendahara dibagi menjadi dua, yaitu dr. Hasanah Mumpuni, SpPD, SpJP (K) sebagai Bendahara I dan dr. Lidwina Tarigan, SpJP sebagai Bendahara II.
Secara keseluruhan, perjalanan PERKI Cabang Yogyakarta sejak tahun 2004 hingga 2019 menunjukkan perkembangan yang pesat, baik dari segi jumlah anggota maupun dinamika kepengurusan, yang mencerminkan semakin kuatnya peran organisasi ini dalam bidang kardiovaskular di wilayah Yogyakarta.